和歌山県の畜産施設衛生管理強化支援事業（令和8年度）：補助率1/3・上限1,000万円、実施前に計画相談

和歌山県の畜産施設衛生管理強化支援事業は、畜産の衛生管理強化、スマート畜産による省力化、生産性向上・効率化の施設整備や機器導入を支援する制度です。現行要綱は補助率1/3、1事業実施主体あたり補助金上限1,000万円と定めます。予算の状況により上限まで交付できない場合があります。

県ページには固定の募集開始日・締切日の記載がありません。実施時期は管轄振興局に確認します。自己資金や他の補助で実施中又は終了した事業は対象外で、実績報告には年度内の期限もあるため、実施前の計画確認が必要です。

30秒でわかる要点

誰が

畜産農業者、農業法人・団体等。会社の規模・支配関係に除外要件あり。

何に

衛生管理強化・スマート畜産・生産性向上の施設整備と機器導入。

いくら

1事業実施主体1,000万円以内。予算状況により上限まで交付できない場合あり。

いつまで

次回未定

選ばれ方

県が申請内容を調査し適当と認めた場合に交付決定。予算範囲内。「知事は、補助金等の交付の申請があったときは、当該申請に係る書類等の審査及び必要に応じて行う現地調査等により、当該申請に係る補助金等の交付が法令及び予算で定めるところに違反しないかどうか、補助事業等の目的及び内容が適正であるかどうか、金額の算定に誤りがないかどうか等を調査し、補助金等を交付すべきものと認めたときは、速やかに補助金等の交付の決定をするものとする。」

申請方法

所在地を管轄する振興局長を経由して県へ提出。実施地が複数振興局管内なら経由の例外あり。

対象者と整備区分

対象は畜産農業者、農協・連合会、農事組合法人、農地所有適格法人、代表者と規約を有する農業者等の団体、畜産会社、市町村、それらを主たる構成員とする協議会等です。

畜産会社は、資本金又は出資総額が3億円超かつ常用従業員が300人超のものを除きます。その企業が議決権の2分の1以上を所有する会社も除外です。片方だけを超えた場合を、この条文だけで同じ除外と判断することはできません。

施設は原則として実施主体が所有するもの、機器・資材は原則新品です。地域に即した適正価格と、目的に合う規模・構造、利用規模や作業能率に即した機械選定が求められます。加工施設・機器はHACCP衛生管理に必要な費用で、畜産加工品は主原料が県産畜産物であることが条件です。

用地買収・造成、既存施設処分、汎用運搬車両、機械設置の受電施設整備費は対象外です。事業に直接必要な経費として区分し、証拠書類で額が分かることが必要です。県知事が同様の効果を特に認める機械も対象となる例外があります。本人・法人役員等の暴力団関係や拘禁刑以上の刑の執行中等は県交付規則の除外要件で、暴力団関係者等との契約も禁止です。

金額は事業全体の上限と施設単価を分ける

要綱の1,000万円は対象経費そのものの上限ではなく、1事業実施主体の補助金の上限です。県ページは「補助対象上限額」と表記するため、要綱の規定と併せて確認します。概要の補助率は「1/3以内」、要綱は「1/3」と表記しています。

施設整備には税抜の区分別単価限度もあります。修繕の場合は下の単価限度の例外です。

畜舎はストール・ゲージ等の付帯部分、堆肥舎は付帯設備をこの単価限度から除きます。区分別の費用制限と対象外費用を先に反映した経費に1/3を掛け、事業全体の上限を適用します。消費税等仕入控除税額が判明している場合は減額して申請します。不明の場合の申請例外はありますが、後で判明した額の減額・報告・返還が必要です。

いくらになるか

対象経費（施設単価上限や対象外費用等を反映）×1/3、1主体上限1,000万円。確定した消費税等仕入控除税額を補助金から減額。

募集要項などの記載: 「補助対象事業における補助対象経費 は、別表に定める施設及び機械等の整備・導入 に要する経費とし、補助率は 1/3 とする。 ２ 補助金の上限額は、１事業実施主体 1,000 万円以内とする。 」

例	計算	補助額
区分別限度を満たす機器経費300万円、仕入控除税額なし	min(3,000,000×1/3,10,000,000)	1,000,000円
区分別限度を満たす機器経費3,600万円、仕入控除税額なし	min(36,000,000×1/3,10,000,000)	10,000,000円
同機器経費300万円、補助金に係る仕入控除税額100,000円	min(3,000,000×1/3,10,000,000)−100,000	900,000円

計算例は、公式の算式に当てはめたものです。実際の額は審査・確定検査で決まります。

計画相談から支給まで

施設・機器導入の流れ

1. 1振興局へ計画相談
2. 2事業計画を添えて申請
3. 3交付決定
4. 4整備・導入
5. 5実績報告
6. 6額の確定と請求
7. 7支給

いつ何をするか

1. 1

   管轄振興局へ計画相談施設整備・購入等の前

   自己資金又は他補助で実施中・終了した事業は対象外。

2. 2

   事業計画・予算書を添えて交付申請実施前に受付時期を振興局と確認

   具体的日付は公式資料に記載なし。

3. 3

   交付決定・事業実施県の決定後

   変更等は事前承認、軽微変更でも届出等が必要。

4. 4

   実績報告完了後30日以内又は当年度2月末日の早い日

   事業実績・明細・収支精算書を正副各1部。

5. 5

   額の確定・請求・支給実績確認後

   原則支出を先に行う。概算払を受ける場合は要綱第11の請求書と内訳等を提出し県の判断を受ける。

書類は原則所在地を管轄する振興局長を経由します。実施地が複数振興局管内なら経由の例外があります。実績報告は完了後30日と当年度2月末日の早い方で判断するため、年度末まで事業を続けられるという期限ではありません。通常の支出と入金の間は立替えが生じますが、要綱には概算払請求の手続きがあり、請求書に内訳等を添えて県の判断を受けます。

他の補助との重複

ほかの制度と重ねられるか

• 併用不可 国又は農畜産業振興機構の同一施設等への補助

  「国又は独立行政法人農畜産業振興機構の事業において、補助金等の交付を受けて いる施設、機械装置及び資材は、補助の対象外とする。 」

• 併用不可 自費・他助成で実施中の事業から本事業への切替

  「事業実施主体が自費又は他の助成により実施中の事業を本事業に切り替えて補助の 対象とすることは、認めないものとする。 」

• 記載なし 市町村の別経費に対する畜産支援

同じ目的で使える制度（当サイト掲載分）

• 令和8年度野菜花き産地強化事業和歌山県・受付中
• 令和8年度スマート水産業推進事業（二次募集）和歌山県・受付中
• 和歌山県聴覚検査機器購入支援事業（令和8年度）和歌山県・受付中
• 生活営農資金（県・市町村・農協の利子補給）和歌山県・次回未定
• 農業近代化資金（県の利子補給）和歌山県・次回未定

併用できるかどうかは、それぞれの募集要項で確認してください。

国又は農畜産業振興機構で補助を受ける同じ施設・機器・資材は対象外です。他助成事業を実施途中で切り替えることもできません。市町村による別費目の支援まで一律に併用可とする記載は確認できません。

採択条件と提出書類

申請前の確認リスト

募集要項などの要件・注意書きを、確認しやすい形に並べたものです。すべて当てはまっても、対象になるとは限りません。

• □第2の8区分の事業実施主体に当たりますか要綱第2
• □畜産会社の場合、大企業とその議決権2分の1以上の支配による除外に当たりませんか要綱第2(6)
• □自費又は他助成で実施中・終了済みの事業ではありませんか基準1(1)／要綱第5
• □国又は農畜産業振興機構で補助を受ける施設・機器・資材ではありませんか基準1(2)
• □施設は原則自ら所有するものですか基準1(3)
• □価格・規模・構造と機械の利用規模・能率は事業目的に適合しますか基準1(4)／要綱第5・別表注意3
• □導入機器・資材は原則新品ですか基準1(5)
• □用地買収・造成・既存施設処分費を除いていますか基準1(6)
• □加工施設・機器はHACCP衛生管理に必要な費用ですか基準1(7)
• □畜産加工品の主原料は県産畜産物ですか基準1(8)
• □経費は直接必要で区分でき、証拠書類で金額確認できますか基準1(9)
• □汎用運搬車両や受電施設整備費を除いていますか要綱別表注意1／基準2
• □施設区分ごとの税抜単価限度と修繕・付帯部分の例外を確認しましたか基準2(1)
• □仕入控除税額が判明している場合は減額して申請していますか要綱第6の2
• □暴力団関係者・刑の除外要件に該当せず、暴力団関係者と契約していませんか県規則第5条の2・第10条
• □変更承認・報告・保存・財産処分と実績期限に対応できますか要綱第7〜10

主な書類と取り寄せ先

書類	取り寄せ先	注意
補助金等交付申請書、事業計画書・明細書、収支予算書	県ページの様式、県交付規則	事業計画等は正副各1部。
計画変更承認申請書、変更計画書・明細書・予算書	県様式	変更交付申請の場合は計画変更承認申請を省略可。軽微変更届、中止廃止申請は条件に応じて。
実績報告書、事業実績書・明細書、収支精算書	県様式、事業者の帳簿等	正副各1部、完了後30日又は当年度2月末の早い日。
交付請求書（概算払は専用請求書・内訳等）	県様式	概算払は県規則第16条第2項・要綱第11による。
仕入れに係る消費税等相当額報告書	県様式・税申告記録	申告後確定時に速やかに提出し返還命令に従う。

施設の税抜単価上限と、実際の資材・工事・付帯部分を分けて確認します。対象機器に見えても、受電施設整備費や汎用運搬車両は対象経費に含めません。申請・実績の計画書と明細書、予算又は精算書は正副各1部です。

事業が始まってからの決まり

軽微なものを除く内容変更、30％を超える経費配分変更、中止・廃止は事前承認が必要です。30％以下の配分変更や総事業費変更も軽微変更届で報告します。ただし完了時に判明した軽微変更は実績報告で代替できます。変更交付申請を行う場合は計画変更承認申請を省略できます。予定期間内に完了しない又は遂行困難になった場合は速やかに報告し指示を受けます。

仕入控除税額が実績時に判明したら減額して報告し、税申告後に確定した場合は既に減額した額を超える分を速やかに報告して返還命令に従います。帳簿・領収書等は交付年度の翌年度から5年間保存します。

取得・効用増加財産は目的に従って管理し、耐用年数相当期間中の目的外使用・譲渡等は県の承認が必要です。省令に期間の定めがなければ農林水産大臣が別に定める期間を使います。県規則は全額相当額を納付した場合や知事が定める期間を経過した場合の例外を定めます。

除外要件の判明、目的外使用、条件違反等は取消し・返還の対象です。県規則の取消しに基づく返還では受領日から納付日まで年10.95％の加算金がかかり、やむを得ない事情が認められれば申請による全部又は一部免除があります。県が定める状況報告や立入検査にも対応します。

これまでの推移と変更点

過去の公式ページ・要領・予算資料から整理しました。

年度	受付期間	補助額など	主な変化と出典
令和7年度の改正告知		全事業補助金上限1,000万円	県は令和7年度から生産性向上・効率化メニュー追加と全事業上限変更を告知。変更前の具体額は未確認のため書かない。 県 畜産施設衛生管理強化支援事業の一部改正について（確認日 2026年10月7日）
令和8年度		補助率1/3、1主体上限1,000万円	現行要綱と令和8年度予算一覧に掲載。 交付要綱（令和7年4月1日施行）（確認日 2026年10月7日）

資料によって記載が違う点

• 補助率の表記
  • 1/3（要綱第4（p.2） https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070400/d00209508_d/fil/youkou.pdf）
  • 1/3以内（事業概要p.1 https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070400/d00209508_d/fil/gaiyou.pdf）

  要綱の1/3で例示。予算状況等により上限額まで交付できないと県ページが明記。

• 上限の意味
  • 補助対象上限額1,000万円（県ページ改正案内 https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070400/d00209508.html）
  • 補助金の上限額は1事業実施主体1,000万円以内（要綱第4の2（p.2） https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070400/d00209508_d/fil/youkou.pdf）

  要綱に従い補助金の上限として計算。施設別単価限度は別に適用し、具体計画は窓口確認。

これまでの推移から分かること

• 県は令和7年度から生産性向上・効率化のメニュー追加を告知しています。
• 同じ告知で、全ての事業の上限を1,000万円に変更したと記載しています。変更前の具体額は今回確認できた資料から推定していません。
• 現行要綱・実施基準は令和7年4月1日改正の版で、令和8年度の補助金一覧にも制度が載っています。

問い合わせ

事業所在地を管轄する振興局の農業水産振興課又は県畜産課へ相談します。県畜産課は電話073-441-2920です。

畜産施設衛生管理強化支援事業（令和8年度） の基本データ更新日 2026年10月7日

実施機関	和歌山県
対象	事業者
概要	畜産の衛生管理、スマート畜産、生産性向上に要する施設・機器を支援。補助率1/3、1事業実施主体上限1,000万円で、施設単価等の限度と対象外条件があります。
補助率	1/3（概要は1/3以内と記載）
上限額	1事業実施主体1,000万円以内。予算状況により上限まで交付できない場合あり。
対象経費	衛生管理の強化の資材・施設・機械 スマート畜産の作業省力化機械 生産性向上・効率化の施設・機械。区分により修繕費・請負工事費を含む。
主な要件（募集要項から）	畜産を営む農業者、農協・連合会、農事組合法人、農地所有適格法人、規約と代表者を有する農業者団体、畜産会社、市町村、それらを主たる構成員とする協議会等。 株式会社又は持分会社は資本金又は出資総額3億円超かつ常用従業員300人超のものを除く。その企業が議決権の2分の1以上を所有するものも除く。 自費又は他の助成により実施中・既に終了の事業は対象外。国又は独立行政法人農畜産業振興機構で補助を受けている施設・機械装置・資材は対象外。 施設は原則実施主体所有、機器・資材導入は原則新品。地域に即した適正価格、目的に合う規模・構造、利用規模・作業能率に即した機械選定が必要。 用地買収・造成、既存施設処分、汎用運搬車両、機械装置設置にかかる受電施設整備費は対象外。県知事が同様効果として特に認める機械も対象。 畜産物処理加工・畜産加工品製造の整備導入はHACCP衛生管理に必要な費用。畜産加工品は主原材料が県産畜産物である場合。 事業に直接必要で明確に区分でき、証拠書類で金額確認できる経費に限る。施設区分ごとの税抜単価上限あり、修繕はその単価限度の例外。 消費税等仕入控除税額が分かる場合は減額して申請。未確定の場合は申請時の減額例外があるが、実績報告又は税申告後に減額・報告・返還する。 暴力団等関係者、拘禁刑以上の刑の執行中等は県交付規則の除外要件。暴力団関係者等との事業契約は禁止。
申請方法	所在地を管轄する振興局長を経由して県へ提出。実施地が複数振興局管内なら経由の例外あり。
他の制度との併用	国・農畜産業振興機構による補助を受ける同一施設等は対象外。実施中の他助成事業から切替不可。
問い合わせ先	和歌山県畜産課 TEL073-441-2920、又は管轄振興局農業水産振興課。
公式ページ	https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/070400/d00209508.html

出典:

• 県 畜産施設衛生管理強化支援事業の一部改正について（確認日 2026-10-07）
• 交付要綱（令和7年4月1日施行）（確認日 2026-10-07）
• 実施基準（令和7年4月1日改正）（確認日 2026-10-07）
• 事業概要（確認日 2026-10-07）
• 県補助金等交付規則（確認日 2026-10-07）
• 令和6年度補助金一覧（当初予算）（確認日 2026-10-07）
• 令和7年度補助金一覧（当初予算）（確認日 2026-10-07）
• 令和8年度補助金一覧（当初予算）（確認日 2026-10-07）

出典

• 県 畜産施設衛生管理強化支援事業の一部改正について（確認日 2026-10-07）
• 交付要綱（令和7年4月1日施行）（確認日 2026-10-07）
• 実施基準（令和7年4月1日改正）（確認日 2026-10-07）
• 事業概要（確認日 2026-10-07）
• 県補助金等交付規則（確認日 2026-10-07）
• 令和6年度補助金一覧（当初予算）（確認日 2026-10-07）
• 令和7年度補助金一覧（当初予算）（確認日 2026-10-07）
• 令和8年度補助金一覧（当初予算）（確認日 2026-10-07）